Entre tanto, fue nombrado Virrey de Cerdeña, aunque no llegó a desplazarse a dicho reino y finalmente juró el cargo de Virrey de Valencia el 17 de noviembre de 1690.

El primero de los problemas a los que se enfrentó era el bandolerismo, que hacía estragos en el reino pese a los logros de Altamira en ese campo; los asaltos y las trifulcas armadas se multiplicaron a la llegada del nuevo virrey, e incluso en 1691 llegaron hasta la misma Universidad de Valencia, en la que tuvo lugar un penoso enfrentamiento entre tomistas y suaristas que se saldó a tiros.

Como primera medida reforzó la guardia virreinal y para acopiar los recursos económicos necesarios, vendió, autorizado por el Consejo de Aragón, los derechos de pontazgo sobre el Júcar a la Villa de Alzira por 6.000 libras por un período de veinte años.

El refuerzo de la guardia facilitó la aplicación de drásticas medias, como las capturas y ejecuciones de no pocos bandoleros y la deportación, en sólo un año, de doscientos delincuentes. Moura acabó con diversas cuadrillas de bandidos mediante capturas o negociaciones (ofreciendo el servicio en el Ejército para redimir las culpas). 

El episodio más señalado de esta lucha fue la persecución y captura de Antonio Ximeno, alias Gasta, uno de los jefes de cuadrilla más famosos del Reino. Después de novelescas persecuciones, en enero de 1693, Ximeno y su cuadrilla fueron cercados en la cartuja de Valdecrist por la guardia reforzados con huestes de Liria y Murviedro. Ximeno se entregó a condición de ser indultado, pero el 21 de enero de 1693 fue ahorcado junto con dos de sus hombres.

Estos triunfos no lo fueron a gusto de todos, especialmente por las formas que había exhibido el virrey. Muchos sectores le acusaban de excederse en sus facultades y abusar de sus poderes para eludir las limitaciones que imponían los fueros a la actuación de la administración real.

Aunque esta opinión se escuchó en el Consejo de Aragón, Castel Rodrigo, que contaba con el apoyo de la ciudad de Valencia (que había agradecido al Monarca el nombramiento de Moura como gentilhombre de Cámara en 1692) y de la Real Audiencia, fue renovado como virrey por un segundo trienio.

En ese período mantuvo su enérgica actuación contra bandoleros y bandidos, pese a que el tamaño y la peligrosidad de las cuadrillas, había decrecido notablemente.

La Guerra de los Nueve Años, también llamada la Guerra de la Gran Alianza, enfrentó a Francia con casi todas las potencias europeas con el objetivo de fijar a Francia en la orilla izquierda del Rin. Trajo como consecuencia, entre otras, la devastación del Palatinado y la destrucción de la ciudad de Worms por las tropas francesas.

En el contexto de la guerra, con parte de Cataluña ocupada por las tropas francesas, la flota de Luis XIV bombardeó la ciudad de Alicante en 1691 ante lo cual el Virrey decretó la expulsión de los ciudadanos franceses del Reino de Valencia.

Reorganizó la Milicia del Reino para poder responder con rapidez a los ataques enemigos y en este contexto encargó al P. Jesuita Francisco Antonio Cassaus un importante mapa del Reino.